KSeF dla podmiotów medycznych – wszystko, co musisz wiedzieć (FAQ)

Piotr Juszczyk

Od 2026 r. Krajowy System e-Faktur (KSeF) staje się obowiązkowy dla większości przedsiębiorców, w tym dla podmiotów medycznych. Wokół tematu narosło wiele mitów. Poniżej w prosty sposób wyjaśniam, co naprawdę się zmienia i czego powinni się spodziewać lekarze oraz podmioty lecznicze.

1. Czy podmioty medyczne muszą korzystać z KSeF?

Co do zasady – tak.

Jeżeli prowadzisz działalność gospodarczą i wystawiasz faktury, od momentu objęcia Cię obowiązkiem będziesz wystawiać je w KSeF.

To, że usługi medyczne są zwolnione z VAT, nie oznacza automatycznie wyłączenia z KSeF. Zwolnienie z VAT to nie to samo co zwolnienie z obowiązku wystawiania faktur ustrukturyzowanych.

2. A co z wizytami prywatnymi dla pacjentów – osób fizycznych?

To najczęstsze pytanie.

Jeżeli pacjent jest osobą fizyczną i nie podaje NIP, co do zasady nie ma obowiązku wystawiania faktury, chyba że jej zażąda.

Czy taką fakturę należy wysłać do KSeF? Nie, nie ma obowiązku, ale można dobrowolnie wysłać ją do systemu. A więc to Ty decydujesz czy dla osób fizycznych wystawiasz e-faktury czy tak jak do tej pory.

3. Czy KSeF dotyczy tylko sprzedaży, czy także zakupów?

Dotyczy zarówno sprzedaży jak i zakupów.

Z zasady obowiązkowy odbiór faktur w KSeF jest już od 1 lutego 2026 r. Podmiot, który zdecyduje się wystawić e-fakturę nie musi już Ci jej dostarczać i odwrotnie. Faktury te dostępne są bezpośrednio w systemie.

To oznacza, że podmiot medyczne muszą być gotowy nie tylko do wysyłki, ale też do odbioru dokumentów w systemie, i to od 1 lutego 2026 r.

4. Kiedy faktura jest „wystawiona”?

To jedna z kluczowych zmian.
W KSeF faktura nie jest wystawiona w momencie kliknięcia „zapisz” w programie księgowym ani wysłania PDF-a do nabywcy np. szpitala. Faktura jest wystawiona dopiero wtedy, gdy zostanie przesłana do KSeF i otrzyma numer KSeF.

Data nadania numeru w systemie jest kluczowa – to ona decyduje m.in. o momencie otrzymania faktury przez nabywcę.

5. Czy można anulować fakturę w KSeF?

Nie. W KSeF nie ma możliwości: - usunięcia faktury, - „anulowania” jej tak jak dotychczas.

Błędną fakturę korygujemy wyłącznie fakturą korygującą. Chcąc ją anulować, fakturę korektę wystawiamy „zerując” pierwotną fakturę. A to oznacza, że w KSeF nic nie znika, jest pełna historia.

6. Co w przypadku błędu?

Nie można cofnąć faktury.

Jeżeli faktura została skutecznie przyjęta przez KSeF i otrzymała numer – jedyną drogą jest wystawienie korekty.

To oznacza, że w podmiotach medycznych trzeba szczególnie zadbać o poprawność danych przed wysyłką.

7. Czy potrzebny jest podpis elektroniczny?

Nie zawsze.

Jednoosobowa działalność może uwierzytelniać się profilem zaufanym, tokenem albo certyfikatem KSeF, są to darmowe rozwiązania.

Spółki i większe podmioty zwykle korzystają z zawiadomienia ZAW-FA, a więc nadaniem jednej z osób uprawnień. Następnie już ta osoba fizyczna bezpośrednio może działać w KseF, jedną z darmowych metod uwierzytelnienia w KSeF. Podmioty mogą skorzystać też z pieczęci elektronicznej, jest to komercyjne rozwiązanie ale może dać większe korzyści.

8. Co z systemami medycznymi i platformami pośredniczącymi?

Jeżeli podmiot medyczny korzysta z zewnętrznych platform do rozliczeń to przede wszystkim trzeba ustalić, czy system daje możliwość połączenia z KSeF. Następnie, wystawia faktury i kto wysyła je do KSeF, a więc kto odpowiada za poprawność wystawianych faktur.

9. Czy KSeF coś upraszcza?

Tak, ale zmienia filozofię.

Plusy:

brak duplikatów,
10-letnie przechowywanie faktur w systemie,
pewność że faktura dotarła do odbiorcy,
mniejsze ryzyko „zaginięcia” dokumentów,
łatwiejszy obrót fakturami.

Minusy:

brak możliwości cofnięcia faktury,
pełna transparentność dla administracji,
konieczność wdroźenia odpowiednich procesów w placówce.

10. Co podmiot medyczny powinien zrobić już teraz?

Sprawdzić, czy używany system gabinetowy/księgowy jest zintegrowany z KSeF.
Ustalić, kto będzie miał uprawnienia w systemie.
Przeanalizować procedurę wystawiania i odbioru faktur.
Zweryfikować umowy z odbiorcami i dostawcami.
Przeszkolić personel administracyjny.

KSeF to nie tylko zmiana techniczna, ale zmiana sposobu pracy z fakturami.
Dlatego coraz większego znaczenia nabiera wybór systemu medycznego, który jest zintegrowany z KSeF i umożliwia bezpośrednie wystawianie oraz odbieranie e-faktur w ramach jednego środowiska pracy. To nie tylko kwestia wygody, ale także bezpieczeństwa i zgodności z przepisami.

Szczegółowe omówienia zmian oraz praktyczne wskazówki dotyczące KSeF można znaleźć na blogu inFaktu.

Chcesz dowiedzieć się więcej o integracji systemu medycznego MyDr EDM z KSeF?

O autorze